La Fondation est gouvernée par un conseil composé de bénévoles, élu par les membres du Canada entier. Le conseil d'administration national dirige l'organisme en établissant les politiques nationales, les objectifs des programmes de recherche de la Fondation et en supervisant l'exploitation de la FCMII.
| Présidente nationale |
Marty Cutler
Toronto (Ontario) |
Ancien présidente nationale |
Jan Martin
Toronto (Ontario) |
| Trésorier national |
Byron Sonberg
Toronto (Ontario) |
| Secrétaire national |
Paul McCarten
Toronto (Ontario) |
Vice-présidente nationale
(Alberta / Territoires-du-Nord-Ouest ) |
Kaella Neithercut
Lethbridge (Alberta) |
Vice-président national
(Colombie-Britannique / Yukon) |
Ralph Finch
Kamloops (Colombie-Britannique) |
Vice-présidente nationale
(Manitoba / Saskatchewan / Nunavut) |
Mark Breslauer
Winnipeg (Manitoba) |
Vice-présidente nationale
(Maritimes) |
John Robichaud
Moncton (Nouveau-Brunswick) |
Vice-président national
(Terre-Neuve / Labrador) |
Linette Moores
St. John's (Terre-Neuve) |
Vice-présidente nationale
(Ontario) |
Victor Bocking
Markham (Ontario) |
Vice-présidente nationale
(Québec) |
Angela DiVirgilio
Montreal (Québec) |
| Administrateur |
John Bell
Cambridge (Ontario) |
| Administrateur |
Duane Green
(Ontario) |
| Administratrice |
Amanda Coe
Victoria (Colombie-Britannique) |
| Administrateur |
Matthew Farncombe
Oakville (Ontario) |
| Administrateur |
Har Grover
Toronto (Ontario) |
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